Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- b -

• b_ : bpp::GTR
• BasicTreeDrawingDisplayControler() : bpp::BasicTreeDrawingDisplayControler
• beforeDrawBranch() : bpp::TreeDrawingListener , bpp::TreeDrawingListenerAdapter
• beforeDrawNode() : bpp::TreeDrawingListener , bpp::TreeDrawingListenerAdapter
• beforeDrawTree() : bpp::TreeDrawingListener , bpp::TreeDrawingListenerAdapter
• belongsTo() : bpp::AbstractTreeDrawing
• bestRootPosition_() : bpp::TreeTools
• beta_ : bpp::SSR , bpp::AbstractCodonDistanceSubstitutionModel , bpp::L95 , bpp::RN95 , bpp::RN95s
• BETTER : bpp::NNITopologySearch
• BINARY : bpp::BppOSubstitutionModelFormat
• BinarySubstitutionModel() : bpp::BinarySubstitutionModel
• BioNJ() : bpp::BioNJ
• BipartitionList() : bpp::BipartitionList
• bipartitionOccurrences() : bpp::TreeTools
• BipartitionTools() : bpp::BipartitionTools
• bit0() : bpp::BipartitionTools
• bit1() : bpp::BipartitionTools
• bitAnd() : bpp::BipartitionTools
• bitBipartitionList_ : bpp::BipartitionList
• bitNot() : bpp::BipartitionTools
• bitOr() : bpp::BipartitionTools
• bMatrices_ : bpp::DecompositionSubstitutionCount , bpp::UniformizationSubstitutionCount
• bootstrap : bpp::TreeTemplateTools::Element , bpp::PairedSiteLikelihoods
• BOOTSTRAP : bpp::TreeTools
• bootstrapPropertyName_ : bpp::Newick
• BootstrapValuesTreeDrawingListener() : bpp::BootstrapValuesTreeDrawingListener
• BPPO_FORMAT : bpp::IOFrequenciesSetFactory , bpp::IOSubstitutionModelFactory
• BppOFrequenciesSetFormat() : bpp::BppOFrequenciesSetFormat
• BppORateDistributionFormat() : bpp::BppORateDistributionFormat
• BppOSubstitutionModelFormat() : bpp::BppOSubstitutionModelFormat
• branchLengths_ : bpp::PhyloStatistics
• BranchLengthsTreeDrawingListener() : bpp::BranchLengthsTreeDrawingListener
• BranchLikelihood() : bpp::BranchLikelihood
• branchModelDescription_ : bpp::AbstractTreeLikelihood::ConstNoPartitionBranchModelIterator
• branchProperties_ : bpp::Node
• brentOptimizer_ : bpp::NNIHomogeneousTreeLikelihood
• brLen_ : bpp::TwoTreeLikelihood , bpp::OptimizationTools::ScaleFunction
• brLenConstraint_ : bpp::AbstractNonHomogeneousTreeLikelihood , bpp::TwoTreeLikelihood , bpp::AbstractHomogeneousTreeLikelihood
• brLenNNIParams_ : bpp::NNIHomogeneousTreeLikelihood
• brLenNNIValues_ : bpp::NNIHomogeneousTreeLikelihood
• brLenParameters_ : bpp::AbstractHomogeneousTreeLikelihood , bpp::AbstractNonHomogeneousTreeLikelihood , bpp::TwoTreeLikelihood
• brLikFunction_ : bpp::NNIHomogeneousTreeLikelihood
• buildBipartitionPair() : bpp::BipartitionTools
• buildBitBipartitions() : bpp::BipartitionList
• buildDistanceTree() : bpp::OptimizationTools